南陽醫專的前身是創辦于1951年的南陽衛校。2004年經國家教育部批準升格為南陽醫學高等專科學校。2006年南陽市委市政府對南陽醫學教育資源進行整合，將張仲景國醫大學、南陽中醫藥學校連并入南陽醫學高等專科學校，形成了中醫日漸厚重、中西醫并舉、醫藥護技齊全的辦學格局。目前，學校占地1316畝，校舍建筑面積51.42萬平方米；教學科研儀器設備總值1.33億元；圖書館總藏書量175萬冊，其中紙質圖書123萬冊，電子圖書52萬冊，中外文期刊1300余種。學校內設20個黨政群團機構，14個教學系(部、院)，6個教輔機構。開設有臨床醫學、護理、中醫學、藥學等20個專業，并與美國卡姆登學院、美國哈森大學、菲律賓伊密里歐學院、日本大阪滋慶學園聯合舉辦護理、藥學、口腔醫學等8個涉外專業。學校有專任教師842人，其中：高級專業技術職務390人（正高111人），碩士以上學位教師448人（其中博士學位15人），外國文教專家6人。5人被聘為高校碩士、博士生導師。“雙師型”教師388人，占專任教師比例為55.99%。

學校現有專門的科研機構15個，其中市級以上研究機構7個。并建有設備先進，功能配套，面積2300平方米的科研實驗中心。擁有國家二級科研實驗室、河南省博士后研發基地。人體生命科學館、中藥標本館全國一流，仲景文化特藏館獨具特色, 艾滋病解剖標本填補國內外空白，創辦的“中國解剖網”被中國解剖學會確定為專用網站。《國醫論壇》為國家級期刊。

學校建有國家級示范性實訓基地1個，省級示范性實訓基地建設5個；省級特色專業5個，河南省教改試點專業2個，河南省高等學校專業綜合改革試點專業5個，中央財政支持建設專業2個；全國職業院校健康服務類示范專業1個。3個教學團隊被確定為河南省教學團隊建設項目。3門課程被評為省級精品資源共享課程，1門課程被評為國家精品在線開放課程，3門課程被確定為民族文化傳承資源庫建設項目，2門課程被確定為立體化教材建設項目；共有示范性實訓基地5個，綜合性示范實訓基地2個。2017年又獲得河南省創新行動發展計劃項目立項12項。國家授權專利596項；國家中醫藥管理局項目3項；國家中醫藥管理局中醫藥科技專項中標項目1項。先后榮獲河南省高等教育教學成果特等獎1項，中華醫學科技二等獎1項，湖北省科技成果二等獎1項。學校成功申報國家自然科學基金項目3項，實現了連續三年入圍。2008年在教育部人才培養水平評估中被評為優秀等次；2013年順利通過第二輪人才培養工作評估，22項評估指標全部獲優。

國家授權專利596項；國家中醫藥管理局項目3項；國家中醫藥管理局中醫藥科技專項中標項目1項。先后榮獲河南省高等教育教學成果特等獎1項，中華醫學科技二等獎1項，湖北省科技成果二等獎1項。學校成功申報國家自然科學基金項目3項，實現了連續三年入圍。2008年、2013年兩次教育部人才培養水平評估均被評為優秀等次。

學校建有三所直屬附屬醫院。第一附屬醫院為國家三級甲等醫院，是河南省住院醫師規范化培訓基地和河南省全科醫生培訓基地，開放床位1800張。擁有6個省級重點培育學科,15個市級醫學臨床重點專科，5個市級臨床特色專科。2016年牽頭成立了醫療集團，成員單位60家。第二附屬醫院是一所以中醫為特色，中西醫并舉的國家三級中醫院，為河南省全科醫生培訓基地，開放床位1000張。2017年牽頭成立了專科共建聯盟，成員單位136個。第三附屬醫院是以眼科和微創為特色的國家二級綜合醫院、南陽城鄉一體化示范區人民醫院，開設床位500張。2017年牽頭成立城鄉一體化示范區人民醫院醫療共同體，已有5家醫院加入。三所附屬醫院均建有較為完備的實驗實訓場地。學校確定了100個穩定的校外實習基地，其中“三甲”醫院35家，保證了臨床教學和生產實習。學校先后與武漢大學醫學院、千金方集團、三統農業科技發展有限公司等多家單位在藥品生產研發、技術服務、人才培養等領域進行深度合作，形成了較為完善的校企合作培養體系。

學校先后榮獲“河南省文明學校”、“河南省職業教育先進單位”、“河南省十大品牌學校”、“河南省公眾最滿意的十佳高職院校”、“河南省文明單位標兵”、“河南省職業教育品牌示范校”、“河南省優質院校立項建設單位”等百余項榮譽稱號。2018年5月，廣州日報數據和數字化研究院對全國1388所高職高專院校進行排名，學校綜合指數位居醫藥類第一，教育競爭力指數位居全國第二。近期在中國科教評價研究院對2018年全國高職高專的排行榜中，學校綜合排名在醫藥類名列第二，科研影響力排名居全國第二。